נהגו לשנות את נוסח הברכה האמצעית של תפילת הלחש בתפילות השבת השונות. בליל שבת אומרים "וינוחו בה" וביום שבת אומרים "וינוחו בו". לגבי מנחה של שבת נחלקו המנהגים: מנהג האשכנזים הוא לומר "וינוחו בם" ובקרב הספרדים נחלקו המנהגים יש אומרים "וינוחו בו" כמו בשחרית (כך הכריע הרב עובדיה יוסף) ויש שאומרים "וינוחו בם" (וכך הכריע הרב אליהו). כתב הקיצור שלחן ערוך שהאומרים במנחה "וינוחו בם" צריכים לומר קודם לכן "שבתות קודשך" ולא "שבת קודשך" כמו בשאר תפילות השבת.