מצוות עשה מהתורה לספור ארבעים ותשעה ימים מיום הקרבת העומר עד חג השבועות. בימינו, שחרב הבית, דעת רוב הראשונים שספירת העומר היא רק מדרבנן, ודעת הרמב"ם שגם בימינו ספירת העומר היא מהתורה.

מן הדין יש לספור לאחר צאת הכוכבים, שאז ודאי לילה. אומנם, מכיוון שדעת רוב הראשונים שספירת העומר בזמן הזה היא מדרבנן, מי שספר אחרי השקיעה לפני צאת הכוכבים יצא ידי חובה, כיוון שבין השמשות הוא זמן של ספק, וספק מצווה דרבנן להקל.

מי שמתפלל במניין ערבית מוקדם, כתב השולחן ערוך שיספור עם הציבור בלי ברכה ויעשה תנאי: אם יזכור לספור אחרי צאת הכוכבים הוא מתכוון עכשיו לא לצאת ידי חובה, ואז יוכל לספור בברכה אחרי צאת הכוכבים; ואם ישכח לספור אחרי צאת הכוכבים, הספירה המוקדמת תעלה לו למצוות ספירת העומר.