מברכים על הבשמים בהבדלה במוצאי שבת, כדי להשיב את הנפש אחרי שהסתלקה הנשמה היתרה של שבת. ברכת הבשמים אינה מעכבת את ההבדלה; לכן אם אין לו בשמים אינו צריך להמתין עד שיהיו, אלא יבדיל וכשיזדמנו לו בשמים יברך עליהם.

מנהג האשכנזים לברך על הבשמים בהבדלה "בורא מיני בשמים" תמיד, כיוון שלא כולם בקיאים בחילוקי הברכות בין המינים השונים, ולכן טוב לקחת להבדלה דברים שברכתם "בורא מיני בשמים" כמו ציפורן (לדעת המשנה ברורה). הספרדים אינם נוהגים כן, אלא מברכים על כל מין של בשמים את ברכתו. ולכתחילה נוהגים הספרדים לקחת להבדלה הדסים.