מצד הדין גם בשתיית שיעור מלוא לוגמיו יוצאים ידי חובת ההבדלה, אולם במקרה כזה נכנסים לספק חיוב ברכה אחרונה; לכן נכון לשתות מהיין של ההבדלה שיעור רביעית כדי שיצא מן הספק ויוכל לברך ברכה אחרונה.

נחלקו המנהגים לגבי הדרך הנכונה להבדיל. לדעת השולחן ערוך צריך להבדיל בישיבה, שעל ידי זה יש קביעות של כל המשתתפים להצטרף יחד ולצאת ידי חובה. לעומת זאת כתב הרמ"א שהמנהג להבדיל בעמידה משום כבוד השבת, שכן ראוי ללוות את השבת בעמידה. גם למנהג המבדילים בעמידה, את היין ראוי לשתות בישיבה דווקא.

המנהג הוא שנשים אינן שותות יין מכוס ההבדלה, והובאו למנהג זה טעמים על פי הנגלה ועל פי הנסתר.