במוצאי שבת, מלבד ההבדלה בתפילה, צריך להבדיל גם על הכוס. נהגו להקדים פסוקי ברכה לפני ההבדלה, אך במוצאי יום טוב אין נוהגים לאומרם.

נהגו שבשעת מזיגת היין לכוס ההבדלה, ממלאים את הכוס באופן שתעלה על גדותיה ויישפך יין אל מחוץ לכוס, וזהו סימן ברכה. אך יש שאמרו שעל פי הסוד אין לנהוג כן. כמו כן, אחרי שתיית הכוס נהגו לכבות את הנר ביין שהבדילו עליו, ומעבירים מן היין על העיניים משום חיבוב מצווה. ויין שיש בו קדושת שביעית, אסור לשופכו בשעת ההבדלה.